In Campania, sulla base di descrittori geomorfologici ed idrologici definiti dalla normativa, sono stati individuati n. 5 corpi idrici di transizione, attribuiti a n. 2 distinte tipologie di acque di transizione: lagune costiere e foci fluviali. Rientrano nella prima tipologia di acqua di transizione individuate nel PGA le lagune costiere del litorale flegreo-domitio: Lago Fusaro, Lago Miseno, Lago Lucrino e Lago Patria. È stata attribuita invece alla seconda tipologia di acqua di transizione la Palude dei Variconi, ubicata alla foce del Fiume Volturno. Per i n. 5 corpi idrici di transizione, nel piano di monitoraggio 2013/2014, l'ARPAC ha delineato una Rete costituita complessivamente da n. 23 siti di monitoraggio, successivamente ottimizzati a 12 dal sessennio 2015/2020 a quello 2021/2026 eliminando i siti profondi di centro lago considerate le limitate profondità degli specchi d’acqua. In corrispondenza dei siti di monitoraggio della Rete, l'ARPAC effettua il monitoraggio degli elementi di qualità biologica e degli elementi chimico-fisici, secondo le modalità operative previste dal DM n.56/2009 e ai fini della classificazione dello Stato delle acque secondo i criteri definiti nel DM n.260/2010 e nel DLgs n. 172/2015. Gli elementi di qualità biologica da rilevare sono rappresentati da macroinvertebrati bentonici, macroalghe e fanerogame e fauna ittica (il fitoplancton viene monitorato quale elemento a scopo conoscitivo). Ciascuno degli elementi di qualità biologica è monitorato secondo le metodiche codificate da ISPRA, IRSA-CNR ed ENEA, che consentono la valutazione dello Stato Ecologico del corpo idrico di transizione attraverso una combinazione di indici e sistemi di classificazione specifici: l'indice E-MaQI o l'indice R-MaQI per macroalghe e fanerogame, l'indice M-AMBI per i macroinvertebrati bentonici. Per fitoplancton e fauna ittica, non facendo riferimento la normativa a nessun indice specifico, si fa riferimento agli specifici Protocolli per il campionamento e la determinazione degli elementi di qualità biologica e fisico-chimica delle acque di transizione pubblicati da ISPRA.
Gli elementi di qualità chimico-fisica da monitorare sono rappresentati dai parametri di base che consentono un bilancio dell'ossigeno e dei nutrienti per un'integrazione nella valutazione dello Stato Ecologico, nonché di un sottoinsieme di sostanze pericolose prioritarie e non prioritarie per la valutazione dello Stato Chimico. Il monitoraggio di tutti gli elementi di qualità biologica e chimico-fisica sarà progressivamente portato a regime dall'Agenzia nel corso del sessennio 2021-2026 con l’integrazione dei test ecotossicologici.
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